En el año 1241 el maestre de la Orden del Temple otorgó la Carta Puebla a la villa de La Cuba a favor de treinta pobladores, la referida carta fijaba unas condiciones muy escuetas: la dominicatura de los monjes, derecho de hornos y molino, lezdas, caloñas, hueste y cabalgada. Como caso especial señalaba la exención a los pobladores de hueste y cabalgada en los años inmediatos a la concesión, privilegio que puede interpretarse en el sentido de que se intentaba arraigar a una población relativamente reciente que precisaba poner en cultivo las heredades recibidas y organizar su vida comunitaria en la localidad.

Curioso es también que en ningún momento llama a La Cuba con este nombre, sino con el del Valle de Desledón. Al parecer es una zona perteneciente a Cantavieja, algún despoblado que se va a poblar en este momento con 30 familias.

Su origen es anterior a la Reconquista pues en la Encomienda del rey Alfonso II a los templarios, se menciona La Cuba como uno de los siete pueblos que componían la Baylía de Cantavieja. Más tarde paso a depender de la Orden de San Juan de Jerusalén en 1312 tras disolverse la Orden del Temple.

Cuenta una antigua leyenda que la Villa de La Cuba en sus orígenes se denominada «El Valle del Oro«, es una leyenda descubierta gracias a los escritos descubiertos en un cuaderno de Fray Juan Moles, un monje de La Cuba exclaustrado del Monasterio del Olivar por los franceses en 1810. La leyenda dices así: «Los más ancianos del lugar habían oído decir cuando eran jóvenes a otros ancianos, que en el pueblo se cometió un robo y los ladrones se escondieron en el cubo del diezmo. Cuando aparecieron se les llamaba los de la cuba, y así fue como se quedo ese nombre«.

Su castillo y tu término fueron comprados por los tutores de Narciso de Olzinelles y Fluvía a Marti Viñals, oficial eclesiástico del arzobispo de Zaragoza el 26 de octubre de 1700.